Durante el gobierno del General Rafael Reyes por decreto 743 de 1904 la Policía fue una vez más adscrita al Ministerio de Guerra. El General Reyes comenzó a legislar a motu proprio, dictando decretos de alta policía, los cuales contenían medidas para prevenir la perturbación del orden público. En desarrollo de la ley 43 se dispuso el establecimiento de una Comisaría de Policía judicial, dependiente de la Dirección General de la Policía Nacional y destinada a la investigación de los delitos señalados en dicha norma.
En 1906 se creó como cuerpo paralelo al de la Policía Nacional un cuerpo de Gendarmería Nacional cuyos comandantes ejercían mando sobre aquella, era una combinación forzada de la Policía Nacional y la gendarmería prestando los mismos servicios, pero que deja traslucir un espíritu militarizante y a la vez absorbente. La Gendarmería Nacional pese o su dependencia del Ministerio de Guerra sufrió un proceso de departamentalización. Su vida fue efímera pues el general Jorge Holguín designado a la presidencia encargado de ella, la suprimió mediante decreto 591 del 17 de junio de 1909 facultado a los gobernadores para organizar por su propia cuenta el servicio de Policía en sus jurisdicciones.